Plot introduction
这是个被油泥海包围的小岛——尖端岛，明之和其母亲居住在这个在70年前的战争中被吸入到南大陆自由圈的小岛上，其父亲现居住在别处独自一人经营着一家小诊所。某天，明之和好友春及古市在上学途中被卷入了爆炸事件中，明之的手在触碰到爆炸中所发出的神秘光线后，变身成为被称为扎姆德的怪物。出现在失去自我、即将石化状态的扎姆德面前的是红发的异国少女娜琪亚美。亚美阻止了扎姆德的石化，并将明之带回了国际邮船赞巴尼号，谋求控制扎姆德的力量并能够回到尖端岛的明之，与赞巴尼号上的同伴们一起开始了环游世界。
其后，尖端岛上极东自治区的驻军将领中佐垣巣冻二郎在汗马礼蔵博士的鼓动下，开始了人形兵器的研究，并试图得到扎姆德的力量。
明之的好友春和古市则怀着保卫家园的信念加入了极东自治区军队，但是古市因为也在爆炸事件中成为了“怪物”扎姆德，且没有得到较好的心理疏导（明之得到了娜琪亚美的帮助），渐渐迷失了本心，在后来明之为寻找自我而回到尖端岛时因憎恨而暴走，后来被明之击败。此时，垣巣中佐则率领ASP队捕获明之与古市，古市在其后自杀，明之受伤后虽然逃走但也忘记了自我，迷失在北方的阿玛乌。
与此同时，娜琪亚美带着途中捡到的扎姆德少年杨格回到了故乡，但与自己的妹妹库吉蕾卡因理念不同而不欢而散。
尖端岛方面，为寻找明之，春毅然脱逃出军队，在地行者的指引下，前往北方。最后，在春的呼唤和影童子（一个小黑球）的提示下，明之终于找回了自我，并与春一同前往胎动窟等待大巡礼的到来。而此刻，在尖端岛的人形兵器实验中被选中的春的妹妹绿，被改造成了一个像大号鸡蛋的人形兵器，但最后被明之持有的疫苗变回了人的形态。
最后，伊舟与角股雷鱼摧毁了金刚塔，雷鱼牺牲，但未能阻止希洛肯皇帝的诞生，为了击败和拯救希洛肯的灵魂，明之作为完美融合了希洛克的扎姆德，娜琪亚美作为继承了圣诺瓦意志的人，配合共同封印了黑暗灵魂。娜琪亚美以一千年沉睡为代价关闭了胎动窟，明之为了填补希洛肯的空虚让渡了自己的名字而失去自我化为石头。世界因此被拯救了。
而九年之后，春再次来到明之化石的海边，等待她的是……
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